细菌性阴道炎是由阴道加特纳菌和一些压氧菌的混合感染所致，可通过性接触传染，在性关系混乱的人群中发病率较高。 细菌性阴道炎，可分为嗜血杆菌性阴道炎，棒状杆菌阴道炎、压氧菌性阴道病炎，加特纳菌性阴道炎等;

正常育龄妇女在内分泌激素的作用下，阴道上皮细胞增生，其表层细胞含有丰富的糖原非常有利于兼氧乳酸杆菌的生长，这种细菌占阴道的90%以上。这种乳酸杆菌大量存在就抑制了其他致病菌的生长。在阴道形成了一个正常的生态平衡。

当人体雌激素水平下降导致阴道上皮萎缩，细胞糖原减少，不利于乳酸杆菌生长大量使用抗生素或用碱性液体过度冲洗阴道，抑制乳酸杆菌的生长。

性乱性交频繁(因精液pH为7.2-7.8)等导致致病性厌氧菌和加特纳菌大量繁殖，引起阴道微生物生态平衡失调。兼氧性乳酸杆菌减少最终导致细菌性阴道病。

由于厌氧菌产生的脱羧酶可激发加特纳菌产生某种氨基酸，产生挥发性胺类，释放出难闻的鱼腥臭味胺类使pH值升高，又抑制乳酸杆菌繁殖，粘附有细菌的阴道表皮细胞脱落使阴道分泌物增加，从而导致本病。

由于菌群紊乱阴道炎症并不明显，分泌物中白细胞减少，因此称细菌性阴道病比阴道炎更恰当。